Dinâmica Molecular

Cartões · 20

Dinâmica Molecular (DM)

Método de simulação computacional que calcula a evolução temporal de um sistema de partículas resolvendo numericamente as equações de movimento de Newton.

Campo de Força (Force Field)

Conjunto de funções matemáticas e parâmetros empíricos usados para descrever a energia potencial e as forças atuantes entre os átomos de um sistema.

Potencial de Lennard-Jones

Modelo matemático que aproxima a interação não ligante entre partículas neutras, combinando a repulsão de Pauli a curta distância com a atração de van der Waals.

Interação de Coulomb

Força eletrostática de longo alcance que atua entre partículas portadoras de carga elétrica líquida ou parcial.

Algoritmo de Verlet

Método numérico de integração temporal usado para calcular trajetórias atômicas integrando a segunda lei de Newton com boa estabilidade e reversibilidade temporal.

Algoritmo Velocity-Verlet

Variante do algoritmo de Verlet que atualiza posições, velocidades e acelerações no mesmo instante de tempo com alta precisão e baixo custo computacional.

Passo de Tempo (Timestep)

Intervalo temporal discreto entre iterações sucessivas na simulação, comumente na ordem de femtossegundos para capturar vibrações moleculares rápidas.

Condições Periódicas de Contorno

Técnica que simula um sistema infinito e livre de efeitos de borda cercando a caixa de simulação por cópias infinitas de si mesma.

Convenção de Imagem Mínima

Critério de cálculo em que cada partícula interage apenas com a imagem mais próxima das demais partículas em um sistema periódico.

Raio de Corte (Cutoff Radius)

Distância máxima a partir da qual as interações não ligantes de curto alcance são truncadas para reduzir o custo computacional.

Termostato

Algoritmo que acopla o sistema a um banho térmico para manter ou controlar a temperatura média da simulação.

Termostato de Berendsen

Método de reescalonamento de velocidades que relaxa exponencialmente a temperatura instantânea do sistema em direção a uma temperatura alvo.

Termostato de Nosé-Hoover

Método determinístico que introduz um grau de liberdade fictício para gerar formalmente uma amostragem do ensemble canônico (NVT).

Barostato

Algoritmo que ajusta o volume ou as dimensões da caixa de simulação para manter a pressão média constante durante a simulação.

Ensemble Microcanônico (NVE)

Conjunto estatístico que representa um sistema isolado com número fixo de partículas (N), volume constante (V) e energia total constante (E).

Ensemble Canônico (NVT)

Conjunto estatístico de um sistema fechado em equilíbrio térmico com número de partículas (N), volume (V) e temperatura (T) fixos.

Ensemble Isotérmico-Isobárico (NPT)

Conjunto estatístico representativo de condições experimentais usuais, mantendo número de partículas (N), pressão (P) e temperatura (T) constantes.

Solvatação Explícita

Modelo em que as moléculas do solvente são representadas individualmente como entidades atômicas na caixa de simulação.

Solvatação Implícita

Aproximação que substitui as moléculas individuais do solvente por um meio contínuo com propriedades dielétricas definidas.

Desvio Quadrático Médio (RMSD)

Métrica que quantifica a diferença estrutural média entre uma conformação molecular instantânea e uma estrutura de referência ao longo do tempo.